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[Litius]

Pues la verdad es que no lo se porque no lo he probado, yo prefiero utilizar el sistema de fototecas. Cuando hagas la prueba cuentanos que ganas tengo de saberlo.

Pues ya lo he probado.
He importado algunas fotos simulando varios carretes a un iPhoto "virgen" desde varias carpetas (carrete por carpeta) y con la configuración que ha dicho HAL, o sea, que no copie las fotos a la carpeta del iPhoto.
En la carpeta iPhoto Library se crean las correspondientes carpetas de "Data" para las miniaturas, creo, Originals y Modified.
En Originals, en lugar de encontrar los ficheros originales hay Alias o "accesos directos" organizados por carpetas según carrete y año. O sea, carpetas 2006 y 2007 por ejemplo, y dentro de ellas las correspondientes a los "carretes" de cada año.
En Modified, con la misma organización tendrás las fotos que retoques.
Lo curioso ha sido que sin retocar ninguna foto ya me he encontrado unas cuantas en Modified. No lo he comprobado, pero creo que se trata de las que son verticales (no apaisadas). Esto antes no lo hacía.
Conclusión: tanto si tienes las fotos fuera de la carpeta iPhoto como dentro, acabas con ellas duplicadas.

Recuerdo que había algún programilla que limpiaba el disco duro de ficheros inútiles y que se cargaba los originales de iPhoto si no los querías. Era para versiones anteriores, supongo que ya habrán sacado actualizaciones para las versiones más recientes con la nueva distribución de archivos del iPhoto.