Cosa rara al intentar reparar los permisos.

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Hola a todos, resulta que esta noche al intentar encender el macbook(lo tenía en reposo), me he encontrado con que no arrancaba. Le he conectado el cable de corriente y a arrancado como de costumbre(al parecer se había agotado toda la batería, peor en reposo hasta ahora no me había pasado.), pero al aparecer el escritorio, me ha saltado un mensaje diciendo que la fecha es anterior al 2008 y que puede haber problemas. Lo he puesto en hora y he arrancado con el disco de sistema de mac os x(el dvd que viene con el equipo) y utilizando la utilidad de discos he verificado y comprobado que habia permisos que diferían en lo que parece ser ficheros de la maquina virtual java. Después de verificar he dado a reparar y al acabar me ha dicho que estaban todos reparados, menos uno(pero mirando en las faq de apple, he visto que es uno de los que se puede ignorar sin problemas), así que doy a verificar otra vez, para comprobar que el resto se había reparado, cuando me encuentro con que vuelven a aparecer otra vez, diciendo que difieren. Vuelvo a reparar y esta vez, después, hago una comprobación del disco en la que no aparece nada raro. Vuelvo a verificar y me encuentro otra vez con los permisos que difieren(los relacionados con java), he vuelto a reparar y he arrancado el sistema para poder exponeros la duda que tengo respecto a este comportamiento. Os pregunto si esto tiene algo que ver, con el error del principio de las fechas, o si por el contrario un reseteo de la pram lo resolveria. El reset de la smc no lo planteo porque según se dice, es para casos extremos.
A ver si alguien me puede aclarar la duda.
Un saludo!!!